Programas de Computador Engenharia

FFFit: Ajuste heurístico de parâmetros de campo de força para dinâmica molecular

Descrição

O programa FFFit: Ajuste heurístico de parâmetros de campo de força para dinâmica molecular é uma implementação de algoritmos de heurística de busca em população e enxame na determinação de parâmetros para campos de força em dinâmica molecular, com base em dados experimentais ou ab-initio fornecidos pelo usuário. O programa consiste em um conjunto de bibliotecas em Python que o usuário final inclui em seu código para gerir a execução do algoritmo de busca e as chamadas ao código de dinâmica molecular responsável por calcular a qualidade (fitness) de um dado conjunto de parâmetros. O programa FFFIT tem duas partes: 1) algortimos de busca: estão implementados os algoritmos Particle Swarm Optimization (otimização por enxame de partículas — PSO) e Algoritmo Genético (Genetic Algorithm — GA), cada um com sua biblioteca própria dentro do pacote. 2) Ferramentas auxiliares: está implementado o suporte chamadas do pacote de dinâmica molecular GROMACS, incluindo funções de geração de arquivos de parâmetros, execução (paralela ou serial) de simulações com GROMACS e cálculo da função objetivo com base nos arquivos de Universidade Federal do Rio Grande do Norte Agência de Inovação Tecnológica saída emitidos pelo GROMACS. Está implementada também uma biblioteca auxiliar responsável por enviar trabalhos de cálculo à fila do sistema SLURM, para que esse processo seja automatizado e executado repetidamente ao longo da execução do algoritmo de busca.

Inventores

• Elton José Figueiredo de Carvalho
• Jhonat Heberson Avelino de Souza

Cotitularidade

-

Status

Registro Concedido

Nº do Pedido: BR 51 2021 000174-5

País

Brasil